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共建基地的设立和运营都离不开资金的支持，如果没有相当的资金实力，科研基地的运营与发展都将受到制约。在共建科研基地的具体操作中，需要企业参与者有相当的资金实力。因此，这种模式比较适用于大企业与科研院所、高校的合作，而资金相对紧张的创新型中小型企业则较难参与到科研基地的共建之中。这时，政府的协调与引导作用就显得非常重要。一方面，政府可以为产学研各方牵线搭桥，并对企业，特别是中小企业，给予税收、知识产权保护等多方面的政策支持；另一方面，政府可以直接牵头推进共建科研基地的建设，如政府牵头成立的工程研究中心。
目前，我国解决企业具体技术问题的项目合作多，满足企业持续创新尤其是产业技术重大创新需求的合作载体少，产学研用合作多局限在项目层次，不利于产业重大技术的深入持续创新。政府应采取有效措施鼓励校企共建科研基地，推进我国科学技术的持续创新和集成创新。
2.建设独立研究院所，重构高校科研组织